1)         中国科学院海洋研究所海洋生态与环境科学重点实验室是从事基础理论和应用研究以及培养高层次人才的重要基地，也是中国科学院海洋研究所对外交流、促进科学技术进步的窗口。

2)         实验室根据国际相关学科发展趋势和国内经济建设需要，确立其学科方向和布局，鼓励和提倡多学科交叉和创新性研究。

3)         实验室的依托单位是中国科学院海洋研究所，接受中国科学院等有关上级组织的领导、督促和检查。

4)         实验室接受中国科学院、科技部的拨款以及社会各界的赞助。同时，实验室积极争取国家和社会的各类科研经费。

5)         实验室对国内外开放，欢迎国内外专家学者来我室进行课题研究或合作研究。

6)         实验室的目标是立足国内，面向世界。贯彻"开放、流动、联合、竞争"的开放运行管理方针，充分发挥实验室学术委员会的指导、监督作用，最大限度利用（开放）实验室的仪器设备资源，将实验室建设成为在国内具有一流水平、在国际上具有一定影响的科学研究和人才培养基地。

7)         根据《国家重点实验室建设管理暂行办法》的有关精神，为实现实验室的工作目标，切实加强实验室各项日常工作的管理，促进实验室管理工作的科学化、民主化和规范化，特制订本规章制度。