1.         赵艳芳，俞志明，宋秀贤，曹西华. 不同磷源形态对中肋骨条藻和东海原甲藻生长及磷酸酶活性的影响. 环境科学，2009. 30（3）：639-699.     

2.         赵艳芳，俞志明，宋秀贤，曹西华. 营养盐对长江口2种主要赤潮原因藻光合色素和光合作用影响的比较研究. 环境科学，2009. 30(3)：700-706.    

3.         李玉，俞志明，宋秀贤，曹西华. 点源污染对胶州湾海水体系中不同形态重金属富集的影响，生态学报，生态学报，2009. 29(10)：5592-5599.

4.         李玉，俞志明，宋秀贤. 胶州湾水体四季之交之时的污染状况研究. 海洋科学，2009.33(11).

5.         孙珊, 郑立, 韩笑天, 田黎, 邹景忠. 微藻油脂含量和组分及其影响因子的研究. 海洋科学, 2009. 33(12): 122-128.

6.         王晓杰，于仁成，周名江.河豚毒素生态作用研究进展. 生态学报，2009.  26(9): 5007-5014.

7.         李天深，于仁成，周名江. 链状亚历山大藻（东海株）对磷营养物质的需求与吸收策略. 海洋环境科学，2009. 28(4): 355-359.

8.         李爱峰，于仁成，李锋民，王震宇.神经毒素β-N-甲氨基-L-丙氨酸的毒理学与检测方法研究进展. 中国药理学与毒理学杂志，2009. 23(2): 152-156.

9.         赵卫红, 崔鑫, 王江涛, 季乃云, 苗辉. 赤潮水体中胶体物质对赤潮异弯藻和中肋骨条藻生长的影响. 生态学报，2009，29(2): 573-580.

10.     宋书群, 孙军, 俞志明. 长江口及其邻近水域叶绿素a的垂直格局及成因初析. 植物生态学报, 2009. 33(2):369-379.

11.     何青, 孙军.长江口及其邻近水域网采浮游植物群落. 生态学报, 2009. 29(7): 3928-3938.

12.     赵冉, 白洁, 孙军, 王丹, 何青. 2006年夏季长江口及其邻近水域浮游植物群集. 海洋湖沼通报, 2009(2):88-96.

13.     何青, 孙军, 栾青杉, 俞志明. 冬季长江口及其邻近水域的浮游植物. 海洋环境科学, 2009. 28(4):360-365.

14.     丁昌玲,孙军, 汪岷. 2009.春季东海产卵场及其邻近海域的束毛藻与网采浮游植物群落. 渔业研究进展, 30(4):50-56.

15.     谭书杰，宫相忠，孙军，宋书群，何青. 春季东海产卵场及其邻近海域的浮游植物群落. 海洋科学, 2009. 33(8): 5-10.

16.     孙军, 宋书群. 东海春季水华期浮游植物生长与微型浮游动物摄食. 生态学报, 2009. 29(12): 6429-643..

17.     贾俊涛, 赵丽青, 李伟才, 雷质文, 孙军, 刘云国, 房保海, 马维兴.入境船舶压载水中细菌调查的多维尺度分析. 中国国境卫生检疫杂志. 2009. 32(1): 31-34.

18.     段丽琴，宋金明，许思思.海洋沉积物中的钒、钼、铊、镓及其环境指示意义.地质论评. 2009. 55(3）: 420-427.

19.     高学鲁, 宋金明, 李学刚, 李宁, 袁华茂. 南黄海秋季溶解无机碳的分布特征，海洋环境科学, 2009.28(1):17-21.

20.     张芳，孙松，李超伦. 海洋水母类生态学研究进展. 自然科学进展, 2009. 19(2): 121-130.

21.     张姝, 张芳, 刘媛, 崔朝霞. 我国海域两种大型水母的分子鉴定. 海洋与湖沼，2101. 40(1): 94-101.

22.     吕淑果，韩博平，孙松，王旭晨. 藻华发生过程中胶州湾水体颗粒有机物脂肪酸的组成与动态. 生态学报, 2009. 29(5): 2391-2400.

23.     张宇红，肖天. 高磁性与无磁性趋磁细菌的获得及磁小体释放技术研究. 海洋科学, 2009. 33(2)：1- 4.

24.     潘红苗, 武洪庆, 肖天. 趋磁细菌生态学研究进展, 生态学报, 2009. 29(4): 2107-2114.

25.     张武昌, 王克，肖天. 长江口2005年4个航次中大型砂壳纤毛虫的水平分布.海洋科学, 2009. 33(7): 6-9.

26.     张武昌，张翠霞，肖天. 海洋浮游生态系统中小型浮游动物的生态功能. 地球科学进展, 2009. 24(11): 1195-1201.

27.     薛东秀，张涛，王海艳，郑小东，孟凡玉. 有棘无棘两种表型栉江珧28S和COI基因序列差异的比较。海洋科学，2009. 33(10)：88-91.

28.     宋奔奔，傅松哲，刘志培，石芳永，刘鹰. 水体中添加两种菌剂对凡纳滨对虾存活、生长及消化酶活性的影响.海洋科学.2009（4）: 1-5.

29.     石芳永，张延青，徐洋，刘鹰，刘明星. 海水养殖废水中氨氮测定方法的影响因素及改进研究. 渔业现代化.2009，36（2）：20-24.

30.     石芳永，宋奔奔，傅松哲，张延青，刘志培，刘鹰。竹子填料海水曝气生物滤器除氮性能和硝化细菌群落变化研究。渔业科学进展。2009，30（1）：92~96.

31.     徐建瑜，刘鹰. 基于计算机视觉的罗非鱼适应环境的体色变化研究. 水生生物学报. 2009，33(2)：164~169.

32.     高菲, 杨红生, 许强. 刺参体壁脂肪酸组成的季节变化分析. 海洋科学, 2009. 33(4): 14-19.

33.     王晓宇，王清，杨红生. 镉和汞两种重金属离子对四角蛤蜊的急性毒性. 海洋科学，2009，33（12）: 24-29.

34.     王方雨, 杨红生, 高菲,刘广斌. 剌参体腔液几种免疫指标的周年变化. 海洋科学，2009. 33(7):75-80.

35.     王晓宇, 杨红生, 王清. 重金属污染胁迫对双壳贝类生态毒理效应研究进展. 海洋科学，2009. 33(10):112-118.

36.     刘淑德, 线薇微. 长江口及其邻近水域鱼类浮游生物群落的时空格局. 生物多样性, 2009. 17（2）： 151-159.

37.     刘勇，线薇微. 日本刺沙蚕对饵料中氮的利用及其对盐度变化的响应. 海洋湖沼通报, 2009. 2: 33-41.

38.     Liu Yong, Xian Weiwei. The effect of temperature on growth and energy budget of polychaete, Neanthes japonica Izuka. Journal of Ocean University of China, 2009, 8(2): 177-183.

39.     单秀娟、窦硕增，2009. 鮸鱼早期形态学发育特征、生长方式及其生态学意义. 海洋与湖沼, 40(6): 714-719.